A Gyöngyforrás kilenc leckét tartalmaz, minden leckében három feladat található.
A leckék első feladatai kötelezően megoldandók, melyek az informatikai fejlesztést foglalják magukba. Ezek a feladatok négyszintűek, a magasabb szintek egyre több figyelmet, jártasságot, tudást igényelnek a tanulóktól. A négy szint teljesítése után lehetőség nyílik ugyanazon lecke második és harmadik feladatának, illetve a következő lecke első feladatának megoldására.
A leckék második feladatai már nem kötelezően megoldandó feladatok. Ezek hatszintűek, amelyek az informatikai fejlesztési feladatok mellett más műveltségi területeket is fejlesztenek.
A leckék harmadik feladatai jutalomfeladatok, melyek szintén nem kötelezőek. Ezek egy része többpályás oktatójáték, más részük inkább kreativitást igénylő feladat.

Kezdetben a feladatválasztó lap egy kiürült várost ábrázol melyben kilenc elhagyatott ház áll, ez felel meg a kilenc leckének. A város képe nem fér rá a képernyőre, a képernyő alján lévő, jobbra és balra mutató útjelző táblákkal lehet a képet görgetni. A bal oldali ház első emeletének ablakára kattintva lehet az első programot elindítani.

Ha az összes szinttel elkészültünk, akkor a program automatikusan visszatér a feladatválasztó városképhez, és láthatjuk jutalmunkat, a kinyíló ablakokat, benépesülő házakat. A négyszintű feladat teljesítése után hozzákezdhetünk az adott lecke második feladatához, melyet a ház második emeletén lévő ablakok jelképeznek, vagy a jutalomjátékhoz, melyet a cégérre kattintva indíthatunk el.

A már megoldott feladatok bármikor megismételhetők, csak a megfelelő ablakra kell kattintanunk. A választást segíti, ha figyeljük a képernyő jobb felső sarkában a kis képeket.